A Sea Shepherd foi fundada pelo Capitão Paul Watson em 1977. Desde então cresceu e tornou-se num movimento mundial, com grupos nacionais e regionais independentes em mais de 20 países. Estes grupos estão unidos por uma missão comum através da Sea Shepherd Global, estabelecida em 2013 e sediada em Amesterdão. A Sea Shepherd Global coordena as finanças, comunicações, logística e frota de vários navios que cooperam directamente em campanhas de conservação marinha à volta do mundo.

A Sea Shepherd Global é uma organização sem fundos lucrativos registada na Holanda e liderada pelo CEO Capitão Alex Cornelissen. A Sea Shepherd Global opera de forma autónoma – tanto fiscal como legalmente – da Sea Shepherd Conservation Society (SSCS), baseada nos Estados Unidos da América.